เรื่องราวของ “Thomas Anderson” นักเขียนโปรแกรมคอมพิวเตอร์ ซึ่งเขาได้สับสนกับการเจอคำวลีที่เขียนว่า ‘เดอะเมทริกซ์’ จนกระทั่งได้มีหญิงสาวโทรมาหาเขาและบอกกับ “Anderson” เกี่ยวกับชายคนหนึ่งที่ชื่อว่า “Morpheus” ซึ่งเป็นชายที่มีคำตอบให้กับเขา
ต่อมา “Trinity” หญิงสาวที่คุยกับ “Anderson” ในตอนแรกได้พาเขาไปที่แห่งหนึ่งที่ “Morpheus” อยู่ หลังจากนั้น “Morpheus” ก็ได้เสนอทางเลือกให้กับ “Anderson” ในการเลือกเม็ดยาหนึ่งเม็ด ซึ่งยาเม็ดสีแดง จะพา “Anderson” ไปหาความจริงของ ‘เดอะเมทริกซ์’ ส่วนยาเม็ดสีฟ้า จะพาเขากลับไปในชีวิตธรรมดาของเขา ซึ่งทางเลือกในครั้งนี้จะทำให้ชีวิตหนึ่งของเขาหายไป
