เรื่องราวของ “Neo” ที่ตอนนี้กำลังหมดสติอยู่ในห้องแพทย์ของยานที่ชื่อว่า ‘Hammer’ โดยตอนนี้สติของ “Neo” นั้นยังอยู่ใน ‘เดอะ เมทริกซ์’ ซึ่งติดอยู่ในสถานีรถไฟใต้ดิน ‘Mobil Ave’ โดยเป็นสถานีไว้เป็นทางเปลี่ยนระหว่าง ‘เดอะ เมทริกซ์’ กับ ‘โลกของหุ่นยนต์’
ด้วยข้อมูลจาก “Oracle” ทำให้ “Seraph”, “Morpheus” และ “Trinity” ได้ไปที่ ‘Club Hel’ เพื่อปลดปล่อยตัวของ “Neo” และหลังจากที่ทั้งสี่กลับมาสู่ ‘โลกแห่งความจริง’ ทำให้ภารกิจต่อไปคือการ หยุดสงครามที่กำลังจะเกิดขึ้นระหว่างเครื่องจักรกับมนุษย์ จึงทำให้บทสรุปสุดท้ายเริ่มต้นขึ้น
