เรื่องราวของ “Thomas Anderson” โดยในตอนนี้รู้จักในนาม “Neo” โดยหลังจากเรื่องราวเมื่อ 6 เดือนก่อน ทำให้ตอนนี้เขากับ “Trinity” ได้มีความสัมพันธ์ที่เกี่ยวข้องกับความรัก โดยในตอนนี้ “Morpheus” ได้รับข้อความจาก “Niobe” ซึ่งเป็นข้อความที่เรียกการประชุมฉุกเฉินของยานทุกลำในเมือง ‘Zion’
ซึ่งในตอนนี้ ได้มีกองทัพของหุ่นยนต์รักษาการนั้นกำลังบุกเข้ามาทางเมือง ‘Zion’ และจะมาถึงภายใน 72 ชั่วโมง ทำให้ ผู้นำ “Lock” ได้สั่งให้ยานทุกลำนั้นกลับไปที่ ‘Zion’ เพื่อการป้องกัน แต่ “Morpheus” นั้นได้ขอให้ยานลำหนึ่งอยู่ประจำการต่อ เพื่อติดต่อกับ “Oracle” ซึ่งเหล่าฮีโร่ทั้งสามมีภารกิจในการตามหา “Oracle” เพราะว่านั้นเป็นสิ่งเดียวที่สามารถช่วยคนในเมือง ‘Zion’ ได้
