เรื่องราวของ “James Darrell Edwards III” เจ้าหน้าที่กรมตำรวจนิวยอร์ก ได้ตามจับคนร้ายที่หลบหนีและได้เห็นการกระพิบตาที่ผิดปกติของคนร้าย ก่อนที่คนร้ายจะกระโดดลงจากโรงจอดรถ ซึ่งในระหว่างที่เขากำลังสอบสวน ก็ได้มีชายในชุดดำเดินมาหา “James” ด้วยความประทับใจที่ “James” สามารถไล่จับ เอเลี่ยน ได้
ซึ่งชายในชุดดำ ได้อธิบายเกี่ยวกับองค์กรของเขา ที่ชื่อว่า ‘Men in Black’ ซึ่งได้ถูกก่อตั้งขึ้นหลังจากการติดต่อกับเอเลี่ยนครั้งแรกในปี 1961 โดยในช่วงเวลานั้นโลกเป็นเขตเป็นกลางทางการเมืองสำหรับผู้ลี้ภัยต่างดาว และ ‘MIB’ นั้นเป็นองค์กรลับที่จะจับตามองและช่วยเหลือเอเลี่ยนพวกนี้ “James” จึงตัดสินใจเข้าร่วมองค์กร และได้ถูกมอบหมายชื่อ “Agent J” ทำให้งานใหม่ของเขาได้เริ่มต้นขึ้น
