เรื่องราวในปี 2012 หลังจากที่มีเอเลี่ยนที่ชื่อว่า “Boris the Animal” ได้หนีออกมาจากเรือนจำที่คุมอย่างแน่นหนาที่ ดวงจันทร์ เพื่อล้างแค้น “Agent K” ที่ทำให้เขาสูญเสียแขนข้างสายไปในปี 1969 โดย “Boris” ได้เผชิญหน้ากับ “Agent K” พร้อมกับคู่หูของเขา “Agent J” และได้บอกว่าเขานั้นได้ตายไปแล้ว
นั้นเป็นเพราะว่า “Boris” ได้ย้อนเวลากลับไปในปี 1969 เพื่อฆ่า “Agent K” และเปลี่ยนแปลงประวัติศาสตร์ แต่มีเฉพาะความทรงจำของ “Agent J” เท่านั้นที่ไม่ถูกเปลี่ยน ไม่มีใครในองค์กรเลยที่รู้เรื่องเกี่ยวกับ “Agent K” จนกระทั่งได้มี “Agent O” ได้ขึ้นตำแหน่งกลายเป็นหัวหน้าของสำนักงาน MIB ทำให้ “Agent J” ได้รู้เรื่องราวทั้งหมด “Agent J” จึงได้เริ่มภารกิจในการย้อนเวลากลับไปช่วยคู่หูของเขา และโลกใบนี้
