เรื่องราวของ “47” หนึ่งในซุปเปอร์โซลเยอร์ ที่ถูกสร้างขึ้นโดย ดร. “Petr Litvenko” ในโครงการที่ชื่อว่า ‘Agent’ “47” ได้ทำงานเป็นมือปืนให้กับ ‘สำนักงานสัญญาระหว่างประเทศ’ และในไม่กี่ปีที่ผ่านมา เขาได้พยายามตามหาลูกสาวของผู้สร้างของเขาที่ชื่อว่า “Katia”
ซึ่งข้อมูลเหล่านี้เขาได้มาจาก กลุ่มของทหารรับจ้างที่นำโดย “Delriego” ชายที่กำลังตามหาตัวของ “Litvenko” เพื่อที่จะรื้อฟื้นโครงการ ‘Agent’ กลับมาอีกครั้งเพื่อประโยชน์ส่วนตัว โดยข้อมูลที่ได้มานั้นมีอยู่ว่า เธอนั้นได้อาศัยอยู่ในเบอร์ลิน ภายใต้ชื่อ “Van Dees” ทำให้ “47” ต้องเตรียมตัวเพื่อที่จะปฏิบัติภารกิจครั้งนี้
